Obecne Centrum Luterańskie jako siedziba Biskupa Kościoła oraz Konsystorza i Synodu Kościoła znajduje się w Warszawie przy ulicy Miodowej 21.

Budowa siedziby naczelnych władz Kościoła  przy ul. Miodowej 21 rozpoczęła się w 1963 roku. W dniu 25 kwietnia 1965 odbyła się uroczystość wmurowania aktu erekcyjnego.

Jako pierwszy oddano do użytku  budynek mieszkalny (wrzesień 1965), a następnie –  w 1968 – budynek administracyjny. Do nowych pomieszczeń przy ul. Miodowej w dniu 24 czerwca 1968 przeniosło swoją siedzibę z ul. Kredytowej Wydawnictwo „Zwiastun”, a trzy dni później Konsystorz. 

O nowych biurach  pisano w kalendarzu ewangelickim, że są „jasne, obszerne, wygodne i znakomicie usprawniają pracę”. Budynek Centralnego Ośrodka Ewangelickiego poświęcono 5 września 1968. Wiosną 1969 w nowych pomieszczeniach odbyła się 1. Sesja V. Synodu Kościoła.

W dniu 17 października 1970 odbyła się uroczystość poświęcenia nowego budynku Chrzescijańskiej Akademii Teologicznej, którą połączono z jubileuszem 400-lecia Ugody Sandomierskiej. Ówczesny zwierzchnik Kościoła – bp Andrzej Wantuła rozpoczął uroczystość przemówieniem na tekst z I Listu Piotra 2,5. Biskup przedstawił koszty budowy, które wyniosły 14 milionów złotych, połowę z tej sumy przekazali luteranie z całego świata m.in. ze Szwecji, USA, Danii, Norwegii, Niemiec, Australii, Nowej Zelandii, Światowej Federacji Luterańskiej, wsparcie Kościół otrzymał również od Światowej Rady Kościołów, komitetu Pomocy Kościołów Szwajcarskich i od Kościoła Ewangelicko-Reformowanego.

W uroczystości udział wzięli m.in. zwierzchnik Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego na Słowacji, bp dr J. Michalko, zwierzchnika Kościoła Ewangelicko-Reformowanego na Węgrzech bp Lajos Bakos, dziekan Wydziału Teologicznego w Princeton dr James Ms Cord, dziekan katedry luterańskiej w Sztokholmie ks. A. Kastlund, przedstawiciel Światowej Federacji Luterańskiej ks. dr P. Hansen, sekretarz generalny Konferencji Kościołów Europejskich dr G. Wilimas oraz przedstawiciel Światowej Rady Kościołów dr Puffert.

W 1997 zakończono budowę budynku przy ul. Schillera, w którym mieści się sala konferencyjna i pokoje gościnne. Natomiast w 2007 r. zakończono rozbudowę i generalny remont budynku administracyjnego. Inwestycja podyktowana była m.in. koniecznością modernizacji sali konferencyjnej, bursy studenckiej, poprawy estetyki budynku oraz dostosowaniem go do potrzeb osób niepełnosprawnych. W dniu 22 września 2007 ks. bp J. Jagucki dokonał uroczystego aktu poświęcenia wyremontowanego i podwyższonego o jedną kondygnację budynku. Wtedy też zmieniono nazwę budynku na Centrum Luterańskie.

W Centrum Luterańskim obecnie swoje siedziby mają:

• Kancelaria Biskupa Kościoła
• Biuro Konsystorza
• Biuro Rady Synodalnej
• Centralne Archiwum Ewangelickie
• Biuro Diakonii Polskiej